Nació en Fitero (Navarra), España, el 24 de junio de 1600, y fue bautizado el 29 de junio, festividad de San Pedro, a quien siempre tuvo especial devoción.
En 1610 fue encomendado, para su educación, al cuidado del obispo de Tarazona Don Diego de Yepes, y durante cinco años asistió al Colegio de la Compañía de Jesús en la ciudad de Tarazona, desde donde pasó luego a las Universidades de Huesca, Alcalá y Salamanca. Terminados sus estudios, en 1621 regresó a Ariza, donde gobernó los estados de su padre el marqués y tuvo oportunidad de leer y estudiar muchos otros autores y textos.
Por interés del Conde-Duque de Olivares se le ofrecieron plazas y honores en el Madrid de Felipe IV, primero en el Consejo de Guerra, en 1626, y a partir de 1629, en el de Indias, distinguiéndose notablemente por su prudencia e inteligencia en sus intervenciones en ambos Consejos.
En 1629 se produce un hecho decisivo en su vida, ya que, tras un año de intensa preparación, en oración y penitencia, recibe la ordenación sacerdotal el 15 de abril. Poco después de su ordenación, el rey le encomendó la misión de acompañar a su hermana María, que se había convertido en la esposa del futuro emperador de Hungría, como capellán y limosnero. Fue durante este viaje de más de un año a Europa que tuvo lugar su encuentro místico con la Humanidad de Cristo a través de un Crucifijo, con brazos y piernas quebrados por los herejes. Sintió que el Crucifijo le pedía que no lo dejara allí abandonado; se lo llevó consigo, lo hizo restaurar y fue su compañero de viaje por el resto de su vida.
En 1639, tras las oportunas consultas, don Juan de Palafox fue designado para la sede episcopal de Puebla de los Ángeles, con la adición de otros importantes cargos gubernamentales en la Nueva España, como el de Visitador. Partió para las Indias en 1640 y permaneció allí hasta 1649, desempeñando importantes cargos al servicio de la monarquía y de la Iglesia, no sin dolor e incomprensión por parte de quienes se negaban a someterse a las directrices de la disciplina eclesiástica y al orden establecido por las leyes de la monarquía.
En aquellas tierras aún se recuerda al Beato Palafox como el gran reformador, el incansable pastor de almas, el protector de los desposeídos y de los indígenas, y también como el constructor de la catedral y de otros numerosos edificios, y el fundador de la Biblioteca Palafoxiana, formado a partir de varios miles de volúmenes que donó de su biblioteca particular traídos de España.
Como prelado se distinguió por su atención pastoral y educativa, creando los Colegios de San Pedro y San Pablo para la formación de los seminaristas, erigiendo en ellos y proveyendo cátedras con lenguas indígenas, cuyo conocimiento era exigido para ser ordenado sacerdote. La construcción de la catedral, iglesias parroquiales y otras fundaciones estuvieron siempre en el centro de su atención, así como la educación de los fieles en la doctrina de la fe, a través de las catequesis que él mismo impartía en sus visitas.
Como buen canonista y celoso pastor, tuvo especial preocupación por aplicar estrictamente las normas promulgadas por el Concilio de Trento, relativas a la disciplina eclesiástica, al culto eucarístico, al culto mariano y santoral, a la dignidad de la liturgia y del canto, y, sobre todo, a aquellas sobre una de sus preocupaciones más constantes, la formación del clero.
El obispo Palafox tuvo que regresar a España, por orden del rey, a raíz de los problemas que surgieron en torno a sus intervenciones como reformador, pero siguió gobernando la diócesis, a través de sus vicarios y cartas pastorales hasta 1654, en que fue trasladado a la diócesis de Osma, donde continuó ejerciendo su celo pastoral hasta su santa muerte, acaecida en el palacio episcopal de esa ciudad el 1 de octubre de 1659.
La ceremonia de beatificación tuvo lugar el 5 de junio de 2011.
No se explica en el texto cuál es la relación con la orden, ni que fue el primero en valorar y publicar las cartas de Santa Teresa, salvando muchas de ser destruidas o recortadas para conservar la firma.
