Nació en la ciudad de Calahorra en España el 27 de enero de 1564 de Diego de San Pedro y Anna De Ustarroz.
En la Universidad de Alcalá de Henares, junto a sus estudios de filosofía y teología, se especializó en latín y griego, convirtiéndose en un elegante latinista, excelente dialéctico en las controversias escolásticas y conocedor de la lengua hebrea.
En 1582 ingresó en el noviciado de Pastrana de los Carmelitas Descalzos tomando el nombre de Juan de Jesús María y el 23 de enero de 1583 emitió su profesión. En 1584 fue enviado a Italia a la recién establecida comunidad de Génova; ahí fue ordenado sacerdote en 1590. Fue maestro de novicios primero en Génova y luego en Roma, cargo que marcó su ministerio a lo largo de su vida. En 1584 fue enviado a Roma como maestro de novicios y en 1597 recibió el encargo de revisar las constituciones y leyes de la orden después de que Clemente VIII independizara la rama italiana de la española.
En el Capítulo General de 1605, Juan de Jesús María fue elegido consejero general y maestro de novicios. En la de 1608 fue elegido procurador general de la Orden, oficio con el que llevó a cabo la causa de canonización de la Madre Teresa de Jesús de la que fue uno de los primeros biógrafos.
En el Capítulo General de 1611 celebrado en Montecompatri, Juan de Jesús María fue elegido Superior General. Durante su generalato, fue instituido el "Seminario de las misiones" establecido primero en la pequeña iglesia de San Pablo en los jardines salustinos de Roma (hoy Santa María de la Victoria), y fue trasladado poco después a la Basílica de San Pancracio extramuros. Gracias a los frutos de este Seminario, los Carmelitas Descalzos pudieron abrir casas en el entonces reino de Ormutz (en el Golfo Pérsico, actualmente pertenece Irán), en Tatta (desembocadura del Indo, en el actual Pakistán), en Goa (India), en Inglaterra (1614), en París y Lovaina (Francia),en Lviv (Ucrania) en 1613, con el objetivo de favorecer la reconciliación de los rutenos en Roma, en Colonia (Alemania), Milán (1622) y Bolonia (Italia).
Habiendo terminado su mandato como Superior General y esperando que llegara el final, quiso retirarse a la espléndida soledad de Montecompatri. Aquí murió el 28 de mayo de 1615.
El 7 de mayo de 1999 se concedió el decreto de validez de la investigación diocesana sobre "vida, virtud y fama de santidad".
El 25 de noviembre de 2021 se promulgó el decreto de virtudes heroicas.