Née le 2 janvier 1643 à Modène, ses parents étaient le Prince Francesco I, Duc de Modène (qui avait succédé à son père Alfonso III d'Este dans le Duché, qui avait abdiqué pour devenir Capucin) et la Princesse Maria Farnese, fille de Ranuzio I, Duc de Parme. Eleonora était une cousine germaine de la princesse Caterina Farnese de Parme, qui prit elle aussi l'habit de Carmélite Déchaussée, mais dans le Monastère de Sainte Thérèse à Parme, sous le nom de Sœur Thérèse Marguerite de l'Incarnation. Cette dernière était une âme choisie, héroïque, pleine de l'Esprit de Dieu, dont la vie sainte était toute parfumée du Ciel (1637-1684).
Baptisée le jour même de sa naissance dans la chapelle de la Cour, elle a pour parrain son oncle le cardinal Rinaldo d'Este. Sa pieuse mère la consacre, dès sa naissance, à la Sainte Vierge Marie. Éduquée chrétiennement et nourrie d'une piété vraie et ferme, elle grandit à la Cour en âge, en grâce et en vertu. Elle était d'une pureté angélique, d'un amour ardent pour Jésus, d'une tendre dévotion pour la Vierge, elle recherchait la perfection en tout point, se mortifiait constamment le corps et l'esprit, et faisait preuve d'une charité inépuisable envers son prochain, au point d'être appelée "Mère des pauvres". Face à l'insistance du roi d'Angleterre qui voulait l'épouser, elle a répondu par un refus poli mais ferme. Le 3 mai 1674, elle quitte la Cour et entre chez les Carmélites Déchaussées de Modène où elle prend l'habit religieux, sous le nom de Sœur Marie-Françoise du Saint-Esprit. Elle a 31 ans.
En entrant dans le monastère, elle a dit aux moniales : " Faites de moi ce que vous voulez ". Elle a tenu sa parole avec une parfaite constance. Elle a embrassé la vie exigeante du Carmel thérésien et l'a vécue dans toute sa rigueur. Elle a pratiqué toutes les vertus au plus haut degré, de manière à être un exemple et un encouragement pour ses sœurs. Cependant, deux vertus se sont distinguées chez elle d'une manière toute particulière qui relève du miracle : l'humilité et l'obéissance. Ces deux vertus auraient dû trouver en elle un terrain moins propice, en raison de son origine, de son sang et de ses habitudes de vie.
Femme d'une intelligence peu commune, d'une volonté ferme, d'une prudence singulière, d'une grande largeur d'esprit et d'un cœur authentiquement maternel, elle fut appelée à plusieurs reprises à gouverner la Communauté. Son mode de gouverner était toujours sage. D'elle, on disait qu'en plus d'être une grande sainte, elle était aussi capable, grâce à sa prudence, de gouverner un empire. L'estime dans laquelle elle était tenue était telle que laïcs et clercs se tournaient vers elle pour solliciter des conseils.
La vénérable Mère Marie-Françoise du Saint-Esprit a couronné sa sainte vie par une très sainte mort le 24 février 1722, à l'âge de 79 ans.
L'enquête diocésaine sur sa "vie, ses vertus et sa réputation de sainteté" a été close en 1729.
