Nasceu em Villapalacios (Albacete) em 1544 e viveu uma juventude cheia de dificuldades, trabalhando como pastor.
Aos 20 anos, transferiu-se para Alcalá de Henares, onde entrou a serviço do hospital de Antezana; aí operou prodígios de caridade confirmados também por milagres, particularmente por meio da devoção ao Menino Jesus, a quem constituíra seu procurador e em cujo nome pedia esmolas e ajudas. Dessa intimidade prodigiosa com o Santo Menino lhe veio o nome de Francisco do Menino Jesus, que depois adotou como nome religioso, assim chamado também pelos reis e grandes da Espanha, que o amavam e veneravam.
Movido por divina inspiração a tornar-se carmelita, venceu as repetidas resistências da cidade de Alcalá e do próprio Felipe II, que por duas vezes obteve de Roma a dispensa da promessa de se tornar religioso. Recebeu o hábito como irmão converso em 12 de abril de 1598, em Madri, emitindo a profissão em 13 de abril do ano seguinte.
Enviado a Valencia a pedido da corte, conseguiu junto às autoridades municipais a fundação – como fizera em Alcalá – da casa de São Gregório para as convertidas (1600), apoiado pelo arcebispo São João de Ribera, que já o tinha conhecido em Madri e o venerava como um santo, levando-o consigo também nas visitas pastorais, durante as quais Francisco ensinava o catecismo e realizava prodígios. Salvou Valencia da peste, ajudou muitas obras pias, constituindo uma “aduana do Menino Jesus”, dispensário e armazém onde recolhia tudo quanto era necessário para os seus pobres.
Convocado pela obediência a Madri em dezembro de 1603, pouco depois – por causa da contínua afluência das pessoas – foi relegado pelos superiores, que não viam com bons olhos a popularidade e a fama de santidade e milagres que o acompanhava, ao isolado noviciado de Pastrana (Guadalajara), do qual foi transferido pelo mesmo motivo ao deserto de Bolarque. Mas em breve, assediado também ali pelas multidões, teve que retornar a Pastrana e, finalmente, outra vez a Madri, sempre seguido por multidões de pessoas.
Ali, procurando subtrair-se aos fiéis para ir ao encontro da vontade dos superiores, na oração e na penitência preparou-se para a morte, que acolheu santamente em 26 de dezembro de 1604, exatamente durante as festas do seu Menino Jesus.
O decreto sobre as virtudes heroicas foi promulgado em 1º de janeiro de 1769.