Nació en Villapalacios (Albacete, España) en 1544 y pasó una juventud llena de penurias como pastor.
A los veinte años se trasladó a Alcalá de Henares, donde entró al servicio del hospital de Antezana; allí realizó prodigios de caridad confirmados también por milagros, particularmente por la devoción al Niño Jesús al que había constituido como su procurador y en cuyo nombre pedía limosna y ayuda. De esta prodigiosa intimidad con el Santo Niño le vino el nombre de Francisco del Niño Jesús, que luego conservó como nombre religioso, llamado así también por los reyes y grandes de España que lo amaban y veneraban.
Movido por inspiración divina a hacerse Carmelita Descalzo, venció las repetidas resistencias de la ciudad de Alcalá y del mismo Felipe II que obtuvo de Roma por dos veces la dispensa del voto hecho de hacerse religioso, el 12 de abril de 1598 en Madrid recibió el hábito como hermano converso, haciendo su profesión el 13 de abril del año siguiente.
Enviado enseguida a Valencia, a instancias de la corte, logró que las autoridades municipales fundaran -como había hecho en Alcalá- la casa de San Gregorio para las arrepentidas (1600). Recibió el apoyo del arzobispo S. Juan de Ribera, que ya lo había conocido en Madrid y que lo veneraba como a un santo, llevándolo también con él a las visitas pastorales en las que Francisco enseñaba el catecismo y obraba prodigios. Salvó a Valencia de la peste, ayudó a muchas obras piadosas, estableciendo una “Aduana del Niño Jesús”: guardarropa y almacén donde recogía lo necesario para sus pobres.
Reclamado por obediencia a Madrid en diciembre de 1603, poco después, debido al continuo ajetreo de gente, los superiores, que no veían bien su popularidad y la fama de santidad y milagros que le seguían, lo relegaron al remoto noviciado de Pastrana (Guadalajara) desde donde, por el mismo motivo, fue trasladado al Desierto de Bolarque. Pero pronto, asediado por la multitud también allí, tuvo que volver a Pastrana y, finalmente, volver a Madrid, seguido a todas partes por multitudes.
Allí, tratando de eludir a los fieles para ir al encuentro de los superiores, en oración y penitencia se preparó para la muerte que acogió santamente el 26 de diciembre de 1604, precisamente durante las fiestas de su Niño Jesús.
El 1 de enero de 1769 se promulgó el decreto sobre las virtudes heroicas.
