Nasceu em Modena, em 12 de janeiro de 1643.
Teve como afortunados pais o príncipe Francisco I, duque de Modena (sucedido no ducado pelo Padre Afonso III d’Este, o qual abdicara para fazer-se capuchinho) e a princesa Maria Farnese, filha de Ranuzio I, duque de Parma. Eleonora era prima de primeiro grau da princesa Catarina de Parma, a qual vestiu o hábito das carmelitas descalças, mas no mosteiro de Santa Teresa em Parma, assumindo o nome de Irmã Teresa Margarida da Encarnação: alma eleita, heroica, cheia do Espírito de Deus, cuja vida santa foi impregnada do Céu (1637-1684).
Batizada na capela da corte no mesmo dia de seu nascimento, teve como padrinho o tio, cardeal Rinaldo d’Este. Assim que nasceu, sua piedosíssima mãe a consagrou à Virgem Santíssima. Educada cristãmente e alimentada por uma verdadeira e sólida piedade, cresceu na corte em idade, graça e virtude. Havia nela uma pureza angélica, um amor ardentíssimo a Jesus, uma terníssima devoção a Nossa Senhora, um estudo da perfeição a toda prova, uma mortificação constante do corpo e do espírito, uma caridade inesgotável pelo próximo, a ponto de ser chamada “Mãe dos pobres”. Por insistência do rei da Inglaterra, que queria desposá-la, respondeu com uma delicada, porém firme, recusa. Deixou a corte em 3 de maio de 1674, entrou nas carmelitas descalças de Modena e vestiu o hábito religioso, assumindo o nome de Irmã Maria Francisca do Espírito Santo. Tinha 31 anos.
Ao entrar no mosteiro, declarou às monjas: “Fazei de mim tudo o que quiserdes”. E manteve a palavra com perfeita coerência. Abraçou a vida dura do Carmelo teresiano em seu pleno rigor. Exercitou todas as virtudes em grau supremo, sendo exemplo e estímulo para as coirmãs. Mas duas virtudes se destacaram nela de um modo todo especial e prodigioso: a humildade e a obediência, exatamente as virtudes que – por causa da origem, do sangue e dos costumes da vida palaciana – deveriam ter encontrado nela um terreno menos favorável.
Mulher de inteligência incomum, vontade tenaz, prudência singular, visão ampla e coração verdadeiramente materno, foi muitas vezes chamada pelos superiores a assumir o governo da comunidade. E seu modo de dirigir foi sempre marcado pela sabedoria. Falou-se dela que, além de ser uma grande santa, estava também habilitada, por causa de sua prudência, a governar um império. A estima de que gozava era tão grande que leigos e eclesiásticos recorriam a ela para aconselhar-se.
A veneranda Madre Maria Francisca do Espírito Santo coroava sua santa vida com uma morte santíssima em 24 de fevereiro de 1722, aos 79 anos de idade.
A investigação diocesana sobre “vida, virtudes e fama de santidade” foi encerrada em 1729.